哈马斯的前身是穆斯林兄弟会巴勒斯坦分会，而从1929年就诞生的穆斯林兄弟会，已经深深扎根于埃及社会的每一个领域、每一个家庭和每一个人的生活里甚至信念里。发家于慈善和服务的穆兄会，在几个世纪的演变中，具备了丰富的武装斗争、社会运动和政治抗争经验，影响力遍布中东乃至全球的穆斯林群众性组织，甚至可以说，穆斯林兄弟会是近代历史最悠久、规模最大、组织最严密、在世界范围内最具影响力的伊斯兰政治集团。
穆巴拉克倒台后，埃及政坛没有任何可以与穆斯林兄弟会抗衡的力量，2012年穆兄会推举穆罕默德.穆尔西竞选总统，穆尔西在当年6月当选为埃及独立后第五任总统。穆尔西上任之后，颁布了一系列反宪法反民主政令，欲将埃及打造成一个神权政治主导的国家。穆尔西执政期间，埃及经济进一步恶化，甚至较穆巴拉克时期更糟，通货膨胀率从穆巴拉克下台前的每年3%升至每年13%至18%，失业率升至13%。
2013年7月3日，穆尔西被埃及军方罢黜，并且暂停现行宪法，埃及最高宪法法院院长阿德里·曼苏尔随后被军方任命为代总统。 穆尔西随即被军方拘禁，并受到起诉。
2013年12月24日，埃及代盖赫利耶发生炸弹袭击，过渡政府总理哈赞姆·贝伯拉威当天宣布穆斯林兄弟会为恐怖组织。不过穆斯林兄弟会也谴责这起炸弹攻击，声明提到：“穆斯林兄弟会认为这起行为是对埃及全体人民的直接攻击，要求立即展开调查，以将罪犯绳之以法。”
2015年4月21日，法院判决穆尔西在2012年“以暴力对待示威者”罪名成立而谋杀罪名不成立，判处他20年有期徒刑。2019年6月17日，穆尔西在法庭上猝死，时年67岁，当时他正因泄露国家机密、杀害抗议者、为哈马斯进行间谍活动等多项罪名受审。
